Ocak 2003'te Beşiktaş'a transfer oldu. Yarım sezon içinde 16 maçta 1 gol atarak, Beşiktaş'ın şampiyonluğunda büyük rol oynadı. Sonraki sezon da Beşiktaş'ta kaldı. Beşiktaş'ta 40 kez forma giyen Giunti takımına 1 gol kazandırmıştır.
Beşiktaş'ın ara transfer başarıları. Yusuf, Ernst ve diğerleri.
15
25
2005-06 sezonu Beşiktaş için kabus gibi geçiyordu. Ancak devre arasında yapılan Bobo transferi siyah beyazlıların yüreğine su serpen bir transfer oldu. İlk sezonunda ligde 14 maçta 5 gol atan Brezilyalı oyuncu, kupada da 7 maçta 4 gol kaydetti ve takımının sezonu Türkiye Kupası ile noktalamasında katkı sağladı ve uzun süre siyah-beyazlı takımın formasını giydi.
35
2008-09 sezonunda şampiyonluk yarışında Sivasspor ile çekişen Beşiktaş'a ara transferde yapılan Ernst takviyesi müthiş bir verim sağladı. Cisse ile müthiş bir ikili oluşturan Alman orta saha oyuncusu sezonun çifte kupa ile kapatılmasında ve Denizli'nin kahin ilan edilmesinde çok önemli bir pay sahibi oldu.
45
O sezonu çifte kupa ile tamamlayan Mustafa Denizli'nin Beşiktaş'ı tecrübeli oyuncu Yusuf Şimşek'ten de müthiş bir katkı aldı. Özellikle Galatasaray maçında attığı kritik gol Beşiktaş'ın sezonu mutlu sonla noktalamasında kritik bir önem arz ediyordu.
55
Deportivo La Coruna'dan 2016 - 2017 sezonunun devre arasında bedelsiz olarak transfer edildiğinde kimse kendisinden böylesine bir performans beklemiyordu. Kısa sürede ilk 11'in vazgeçilmez isimlerinden birisi oldu. Bugünlerde Beşiktaş ile sözleşme krizi yakalasa da, kısa sürede yaşanan başarılarda başrol oynayan isimlerden birisi oldu.