Jean Tigana, Ekim 2005'te Rıza Çalımbay'ın istifası ile boşalan Beşiktaş teknik direktörlüğüne getirildi. 12. haftada 5. olan Beşiktaş'ı, lig sonunda 3. yaptı ve UEFA Kupası'na katılma şansını kazandı. Tigana devre arasında Gökhan Güleç ve Bobô transferleriyle takımı toparlamaya çalıştı. Sezon sonunda 1998'den beri kazanılamayan Türkiye Kupası'nı kazandı.
2006-07 sezonunda ise gençleştirme politikasına giden Tigana, altyapıdan İbrahim Kaş, Aydın Karabulut, Can Erdem, Mehmet Sedef gibi isimleri kullanma ya da kiralama yoluna gitti. Ayrıca Burak Yılmaz ve Serdar Kurtuluş gibi genç oyuncuları kadrosuna kattı. Sezonunun başında Galatasaray'yi 1-0 yenerek ilk kez düzenlenen Türkiye Süper Kupası'nın sahibi oldular. UEFA Kupası'nda gruplardan çıkma şansını son maçta kaybettiler. Uzun süre lig yarışının içinde olup, lig ikincisi oldular. Ayrıca Türkiye Kupası'nı bir kez daha kazandılar. Ancak Tigana'nın, medya ve Beşiktaş yönetimiyle yaşadığı sorunlar nedeniyle, ligin bitmesine iki maç kala Tigana ve Beşiktaş yönetimi yollarını ayırdı. Yardımcı teknik adam Tayfur Havutçu sezonu tamamladı.