Beşiktaş formasıyla ilk maçına Karabükspor karşısında çıkan milli futbolcu, o maçta 90 dakika sahada kaldı.
2016-17 sezonunda Beşiktaş ile şampiyonluk yaşayan yıldız isim, istikrarlı performansıyla beraber taraftarların da sevgisini kazandı. Hem lig hem de Avrupa’da üst düzey performans sergiledi.
Süper Lig’de 29, Şampiyonlar Ligi’nde 2, Avrupa Ligi’nde ise 5 maçta forma giydi. Bu maçlarda ligde 1 gol 2 asist ile oynadı.
2017-18 sezonunda Beşiktaş’ın Şampiyonlar Ligi’nde namağlup gruplardan çıkmasında önemli katkılarda bulundu. O sezon Şenol Güneş’in vazgeçilmezlerinden biri olan Gökhan Gönül, savunmada sağlam duruşuyla güven verdi.
Beşiktaş ile şu ana kadar toplam 141 maçta forma giyen milli futbolcu bu maçlarda toplam 11.396 dakika süre alıp 9 gol 14 asistlik performans sergiledi.