Birçok farklı pozisyonda başarıyla oynayan Ahmed Hassan, 22 yaşında Türkiye macerasına Kocaelispor'la başladı. 2 sezon oynadıktan sonra Denizlispor'da bir sezon oynadı. Daha sonra Gençlerbirliği'ne geçti. Gençlerbirliği'nde oynadığı ilk maç; 2001-02 sezonu Süper Lig 14. haftada Göztepe'ye 1-0 yenildikleri maçtır. Burada Mısır millî takımından arkadaşı Abdel Zaher El Saka ile oynayan Hassan 3 başarılı sezon geçirdi. Gençlerbirliği'nin UEFA Kupası'nda 4. tura kadar çıkmasına yardım etti. Ahmed Hassan, Gençlerbirliği'nde 2 Aralık 2001 ile 17 Mayıs 2003 yılları arasında toplam 47 resmi maçta 4.063 dakika forma giydi. 31 gol attı. 8 sarı, 1 kırmızı kart gördü.
2003-04 sezonunda Mircea Lucescu tarafından önceki sezonun şampiyonu Beşiktaş'a getirildi. Lucescu'dan sonra Jean Tigana'nın da gözdelerinden olan Hassan, takımın sürekli oynayan önemli oyuncularından biri oldu. 2 sezonda 79 maçta 30 gol attı.