2008-2009 sezonunda Gençlerbirliği'nde oynarken ayağı kırıldı, 55 gün sahalardan uzak kaldı.
Mustafa Pektemek'in yaşadığı sakatlıklar...
114
214
2010-2011 sezonunda Gençlerbirliği'nde oynarken adelesi yırtıldı, 184 gün futbol oynayamadı.
314
2011-2012 sezonunda Beşiktaş'ta bilinmeyen bir sakatlık yaşadı 12 gün sahalardan uzak kaldı.
414
2012-2013 sezonunda Beşiktaş'ta oynarken çapraz bağı yırtıldı. 196 gün sahalardan uzak kaldı.
514
2013-2014 sezonunda ayak yaralanması yaşadı 6 gün oynayamadı.
614
2014-2015 sezonunda kasın ağrıları nedeniyle 4 gün sahalardan uzak kaldı.
714
2014-2015 sezonunda baldır çekmesi yüzünden 13 gün sahalardan uzak kaldı.
814
2014-2015 sezonunda uylukta yırtık sebebiyle, 23 gün futbol oynayamadı.
914
2014-2015 sezonunda ayak bileğinden yaşadığı sakatlık nedeniyle 8 gün sakat kaldı.
1014
2014-2015 sezonunda yüz yaralanması yaşadı. 57 gün sahalardan uzak kaldı.
1114
2014-2015 sezonunda ayak parmağı kırıldı, 8 gün futbol oynayamadı.
1214
2016-2017 sezonunda dirseği kırıldı, 31 gün sahalardan uzak kaldı.
1314
2016-2017 sezonunda kasığından ameliyat edildi. 14 gün sahalardan uzak kaldı.
1414