Aboubakar 2016-17 sezonunda Beşiktaş'a kiralık olarak gelmiş, Süper Lig'de 12 gol atarken Şampiyonlar Ligi ve UEFA Avrupa Ligi'nde 3'er gol atmış ve bir kez de Ziraat Türkiye Kupası'nda gol kaydetmişti. Süper Lig'de şampiyonluk yaşayan Aboubakar, Cenk Tosun ve Talisca ile büyük bir bağ kurmuştu.
2020-21 sezonunda 16 gol
Aboubakar sezon boyunca Beşiktaş'ın en önemli oyuncusu konumunda yer alırken son 11 haftada sadece 45 dakika sahada kalabildi. Kamerunlu oyuncu 26 maçta 15 gole imza atarken arkadaşlarına da 5 asist yaptı. Aboubakar ayrıca Ziraat Türkiye Kupası'nda da 3 maçta 1 gol attı. Aboubakar hem Süper Lig hem de Ziraat Türkiye Kupası kazanan kadroda yer aldı.
Fenerbahçe 'ye 2 gol, Kadıköy'de 15 yıl sonra zafer
Aboubakar özellikle sezonun ilk yarısında Fenerbahçe'ye karşı 2 gol atıp çok özel bir performansa imza atmıştı. Beşiktaş, 15 yıl sonra Kadıköy'de Fenerbahçe'yi yenerken 4-3'lük maçın en önemli isimlerinden biri Kamerunlu golcü olmuştu. (Fanatik)