2008-2009 sezonunda Gençlerbirliği'nde oynarken ayağı kırıldı, 55 gün sahalardan uzak kaldı.
Mustafa Pektemek'in yaşadığı sakatlıklar...
Hazırlık maçında sakatlanarak oyundan çıkan ancak ciddi bir sakatlığı bulunmayan Mustafa Pektemek, akıllara eski sakatlıklarını getirdi. İşte o sakatlıklar;
2010-2011 sezonunda Gençlerbirliği'nde oynarken adelesi yırtıldı, 184 gün futbol oynayamadı.
2011-2012 sezonunda Beşiktaş'ta bilinmeyen bir sakatlık yaşadı 12 gün sahalardan uzak kaldı.
2012-2013 sezonunda Beşiktaş'ta oynarken çapraz bağı yırtıldı. 196 gün sahalardan uzak kaldı.
2013-2014 sezonunda ayak yaralanması yaşadı 6 gün oynayamadı.
2014-2015 sezonunda kasın ağrıları nedeniyle 4 gün sahalardan uzak kaldı.
2014-2015 sezonunda baldır çekmesi yüzünden 13 gün sahalardan uzak kaldı.
2014-2015 sezonunda uylukta yırtık sebebiyle, 23 gün futbol oynayamadı.
2014-2015 sezonunda ayak bileğinden yaşadığı sakatlık nedeniyle 8 gün sakat kaldı.
2014-2015 sezonunda yüz yaralanması yaşadı. 57 gün sahalardan uzak kaldı.
2014-2015 sezonunda ayak parmağı kırıldı, 8 gün futbol oynayamadı.
2016-2017 sezonunda dirseği kırıldı, 31 gün sahalardan uzak kaldı.
2016-2017 sezonunda kasığından ameliyat edildi. 14 gün sahalardan uzak kaldı.